まず、不明な点があって問い合わせして、それの返事がきました。返事の内容で不明な点が解決しました。わからなかったことを教えてもらったわけですから、お礼を言いましょう。
同時に、返事には逆に質問事項がありました。学校に送った分でよいのか、もう1通必要なのか。これは質問されているのですか返事をしないなりません。
ということで返信が必要でしょう。文例としてはこんな感じでしょうか。
ご連絡ありがとうございました。
学校に送付いただいているということで安心いたしました。
証明書の追加は不要です。ありがとうございます。