それぞれ機関の特性が違うので比較できません。
海上保安大学校→国土交通省管轄、海上保安庁幹部養成機関
海上自衛隊教育隊→防衛省・海上自衛隊管轄、高卒一般隊員の初等教育機関
ちなみに、比較対象が防衛大学校海上要員であれば、海保大学校学生との比較は可能ですが、これは常々言われているように防大海上要員の訓練のほうが思想的に旧海軍の伝統を引き継いでおり、圧倒的に厳しいです。
ただし、そもそも訓練以前に、陸海空要員分けされる前の1学年時の学生舎生活において、海保の学生は心身ともについていけないでしょうね。