同志社大学生命医科学部医生命システム学科と関西学院大学理工学部生命科学科でしたら、完全に同格です。就職に関しても、社会的評価に関しても、全くと言っていいほど差は無く、西日本私大の生命科学分野でトップレベルです。 したがって、両方受験して受かったほうに進学するのがよいと思いますが、両方とも受かれば、進学の利便性、キャンパスの好み、校風などで決めればよいと思います。 同志社大学生命医科学部は京田辺キャンパスにあり、関西学院大学理工学部は神戸三田キャンパスにあります。この両方とも、周りに何もない田舎のサブキャンパスと言えます。京都南部・大阪東部・奈良なら同志社、阪神間や兵庫県なら関学でしょうね。 同志社の京田辺キャンパスはとても広大である一方、関学の神戸三田キャンパスはこじんまりしていて学生間の親密度が高いです。 同志社と関学はともにキリスト教主義ですが、関学はキリスト教学が必修となっていて、より親切で温厚な学生が多いのが特徴です。個人的には関学の校風のほうが好きですね。
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