履歴書と職務経歴書について。内容が重複してしまう部分があってもOKなのでしょうか？資格について、履歴書には全部、職務経歴書には関連する資格+車の免許。くらいに絞っても良いのでしょうか？

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悩みどころがちょっとわからないのですが、履歴書は概要（＋個人情報）、職務経歴書は詳細なので、概要と詳細で被るのは当然のように思います。

資格は関連するものを履歴書に書くだけで良いようにも思いますが、両方に書いてもけしからん落とすみたいなことにはならないですよ。