有給が出勤扱いになり、人件費として換算されることが正しいのか質問です。 私が以前正社員として勤務していたドラックストア…

Question

有給が出勤扱いになり、人件費として換算されることが正しいのか質問です。
私が以前正社員として勤務していたドラックストアは、1日に〇人まで入れていいというルールがあり、会社のシステムにシフトを入力するとき
その上限をオーバーしてしまうとアラートが出る仕組みになっていました。
一応超えても通らないわけではないですが、SVや本社からその都度指導が入っていて、超えるのは月何回までなどのルールがありました。
人件費などの関係上指導が入るのは理解ができるのですが、
私の会社は有給休暇を取得している社員もその1日のうちの1人として換算しており、
一日3人が有給休暇を取ると店が回らなくなるにも関わらず、制限するのは理解が出来ませんでした。
ちなみにうちは半休制度（午後有休・午前有休）はないため、半日だけするとかはなかったです。
また、有休も満額支給されず、8割しかもらえないため、満額だしてくれないくせに人件費換算するなよと在職中は不満を持っていました。
確かに本社は休んでる人にもお金を払っているため、コストがかかっていることは理解していますが、これは違法にはならないのでしょうか。