会社立替金についての質問です。

Question

会社立替金についての質問です。去年9月中旬から病気で長期休暇取りました。休暇のまま1月31日で退職しました。今日は会社から会社立替金の支払いの請求が届きましたが、その説明は「会社立替金＝前月分の欠勤減額（金額的に＝2月の基本給）＋控除」、確かに9月分の給料はもらいましたが、その金額は基本給ｰ各種税金の金額でした。その後10月～1月は毎月明細書が届いて、会社に税金の支払いの請求書も、健康保険＋年金保険料＋住民税で、ちゃんと支払いました。
質問は：１．会社立替金は「9月の欠勤分の給料を返してくれ」って意味と認識していますけど、どうして基本給＋各種税金みたいな金額になるのでしょうか？9月分の税金はすでに基本給から天引きされて、2月時点で国民健康保険と国民年金になりましたので自払いです。住民税もすでに4か月分を支払い済みなのに。
２．支払わないなら違法になりますか？そもそも休暇取るときは会社立替金の説明は一切ないでした、傷病手当金の案内とか説明もないでした。
長文ですが、どうかこのようなことに詳しいどなた様ご回答をよろしくお願いいたします。

Answer 1

現実にどうであるかは調査が必要ですが、可能性としての回答をします。

質問者様の会社では当月分給与が当月払いとなっているのではないでしょうか。
たとえば9/1～9/30分の給料を9/25に支払うといったことです。
残業代や欠勤控除は9/25段階では未確定ですから、その分は末締めにして翌月の給料日（5/25）に精算するといった方法が考えられます。
ところが長期の病欠となったために、10月以降の給料がゼロになり、精算できない状態になっていた、しかもそのまま退職となったために、精算残額が残ったままになっているので、それを返還してくれということかもしれません。
また、社会保険料は当月の給料がゼロであっても徴収されますので、10月以降の社会保険料は会社が立て替えていたのではないかと思います。それも返還対象になります。
本来そう言ったことは給料計算担当者または直属の上司から説明があってしかるべきでしたが、それがなされていなかったために不審が生じたのかも知れません。

Answer 2

個別のケースですからここで聞いてもしょうがないと思います。会社に請求内容の明細を出してもらっての話でしょう。その内容に納得できない項目があれば、話し合うしかないと思いますが。

Answer 3

当月払いの給与
前払いの通勤費
などではないでしょうか。

また入社月に社会保険料の控除がないと退職月に控除もあります。