防衛省・自衛隊は、官僚と自衛官は完全に分離され別個の職業になっていますが、警察庁は警察官＝官僚です。 この違いは何ですか？

Answer 1

本来であれば 警察組織の態様が通常といえます
警察行政の首脳であるべき選び抜いた人材
警察行政の中枢から警察実務の一部を担う人材
警察実務の実際の作業者となる人材
それぞれの人材を自分たちの裁量で採用し それらを一定のランク別制度を組み込んだ基準に基づいて 上に下に横に移動させつつ組み合わせて活用し 一体としての警察行政・実務組織を形づくる
これはその組織が「自分たちの持ちものであって また 自分たちそのものである」なら当然のことで その当然のことは 戦前の内務省警保局から連続したエリート機構だからできることでもあります
言い換えるなら 警察官僚の手から警察組織が奪われることがなかったということもできます

対して 防衛省・自衛隊は 戦前の陸海軍省・陸海軍から切り離された連続していない組織です
軍行政の官僚的プレーヤー/マネージャーのうち 武官である者は当然としてその地位を失い また文官であった者も 高等文官 つまり現在のキャリア(総合職)相当の試験合格者はほぼいなかったこともあり 戦後に残すほどの地位もありませんでした
そして持ち主(親)を失った陸海軍の人的リソースを再編して成立したいわば「みなしご」の自衛隊は その発足時の前身から確立期に至るまで 日本の最高級かつ現存最古のエリート集団を自認する国交 警察 加えて総理府らの旧内務省系の流れを汲む官僚に'使われ' また その拡大期には 内務省系と同等の格をもつエリート集団である財務(大蔵)官僚に'支配'されて それらに「便利な あるいは 状況によっては使いづらく困った貰い子」として組織を養われてきました

貰い子に家内での優れた地位や大きな裁量を与える拾い親はそう多くいません
警察官僚と 大蔵官僚が作り上げたそれなりの行政機構(とキャリア・ノンキャリの座布団)を 自衛官如きに安々と渡す筈もありません

つまりこれこそが このご質問の疑問であったり官僚に対する自衛官劣勢に係る議論で出される言葉である 文'官'統制であって 「戦前の反省から武官の自己決定の可能性を遠ざけた」等とある意味いい加減に言われることの 脇の事情のひとつです

まあ 脇のといいつつ 内閣官房などには旧内務省系(自治 警察 国交 消防 加えて みなしご防衛省・自衛隊)が出向によって集まる部署がありますが そこにいると 上記のような感覚は肌で感じられますね…
あとやっぱり 内務省系は財務(大蔵)は敵視してますね…

Answer 2

防衛省には官僚と非官僚（一般公務員）がいます。
警察庁にも官僚と非官僚がいます。

人事院：国家公務員試験
総合職試験→官僚コース
一般職試験→一般職コース

総合職試験合格後、希望省庁の採用試験に合格するとキャリア（官僚）。

防衛省は国家公務員の集合体で、自衛隊は軍人（国家特別公務員）の集合体です。国内では軍という名称が使えないので隊員、1左＝海外の軍隊だと大佐。自衛隊から防衛省に出向している人もいますけど。

自衛隊の場合は防衛大を卒業して入隊するか、幹部候補生試験に合格して入隊するとキャリア（官僚とは言いませんが）。1士・2士・士長・3曹・2曹・1曹・准尉をスキップして、3尉もしくは2尉（小尉、中尉）からのキャリア開始となります。

警察庁（国家公務員）は警視庁や北海道警などの地方警察（地方公務員）を管轄する組織です。双方向の出向があります。