6級海技士(航海)を受ける為に来年マグロ漁船の船員として乗船履歴を貯めようとおもっているのですが、 船員ではなく 船舶の運行、担当の乗船履歴がないと6級の航海士は受けれないんでしょうか？

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おっしゃる通り、単なる「船員」としてではなく、航海士の業務に関連する乗船履歴が必要です。
・6級海技士（航海）の受験資格について
6級海技士（航海）の口述試験を受けるためには、海技免状の等級や取得状況に応じて、以下のような乗船履歴が求められます。
1. 職務の要件
海技士試験における「乗船履歴」は、単に船に乗っていた期間ではなく、**「所定の船舶」に「所定の職務」**で乗船していた期間を指します。
6級海技士（航海）の試験を受ける場合、一般的に、総トン数5トン以上の船舶において、甲板部（デッキ部門）の乗組員としての乗船履歴が求められます。
• 認められる職務の例:
• 航海士（三級、四級、五級など上級免状所持者の場合）
• 甲板長
• 操舵手
• 甲板員
• 見習い海技士
2. マグロ漁船での乗船履歴について
来年乗船予定のマグロ漁船での履歴は、甲板部員として乗船し、航海に関する業務（操舵、見張り、甲板作業、荷役など）を行っていれば、一般的に有効な乗船履歴として認められます。
• 重要な点: 採用された職務名が「船員」や「作業員」といった曖昧なものであっても、実質的に甲板部で船の運航に関わる業務に従事していれば問題ありません。
• ただし、漁船の乗船履歴は、**「漁業に従事していた期間」と「運航に従事していた期間」**を分けて計算する場合があるため、履歴証明書を作成する際に注意が必要です。