人事院規則の運用に規定があります。 https://www.jinji.go.jp/kisoku/tsuuchi/09_kyuyo/0917000_kyuujitsukou151.html 車など持っていない、電車も走っておらず、毎日タクシーで通いますという場合には、自家用車と同じように距離に応じた定額支給になります。 普段は電車だけど、緊急参集時や、シフト勤務で、その時間帯には走っていないときには、タクシーチケットや精算払での支給はありえます。
公共交通機関の定期代相当額を支給されるのが原則でしょう。 公共交通機関の利用が困難な地方等では自家用車での通勤が認められ、通勤距離に応じた定額が支給されます。 例え何かの都合でタクシーを利用しても、そのタクシー代が支給されることはありません。 ただし、中央官庁などで深夜まで残業しなければならない仕事に従事した場合で公共交通機関が利用できない深夜帰宅時はタクシーチケットが支給されることはあるようです。 そのまま職場に朝まで泊まり込むというような話も聞きますけどね。
通常の通勤手当てではタクシー代はでないと思います。 例外としては深夜に及ぶ残業とか、出張費ですね。 質問とは関係ありませんが一部の大手企業を除き一般企業は交通手段に関わらず距離換算での交通費に対して、公務員は全額支給。 だから定期券代を請求して自転車通勤する馬鹿者も出てくるのですよ。
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